Il completamento del progetto Genoma Umano, annunciato nella primavera del 2001 ha riservato alcune sorprese, non del tutto preventivate all’epoca delle sue ambiziose premesse (1). Il progetto ha rivelato che ogni persona mostra il 99.9% di identità genetica rispetto ad una qualsiasi altra. Pertanto le caratteristiche proprie di ciascun individuo sono dovute praticamente al restante 0.1% di materiale ereditario che costituisce la variabilità interindividuale. Tale variabilità è sostanzialmente dovuta a piccole variazioni di sequenza (in pratica e molto spesso, sono sostituzioni di singoli nucleotidi che compongono il nostro DNA) chiamate SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Si calcola che nell’uomo esistano circa 10 milioni di queste variazioni ed è ormai stabilito che gruppi di SNPs sommati insieme determinano la suscettibilità o la resistenza a molte delle malattie umane più comuni (ad es. il diabete, il cancro, l’aterosclerosi, l’Alzheimer).

Review of some recent approaches in quantitative proteomics M. Hamdan1, P.G. Righetti2 1Computational, Analytical & Structural Sciences, An attempt is made to review a number of approaches that appeared in recent literature which address quantitative proteome analysis. These methods can be divided into two main streams: those applicable to conventional two-dimensional map analysis, coupling orthogonally a charge-based step (isoelectric focusing) to a size-based separation (SDS-electrophoresis) and those applicable to two-dimensional chromatographic protocols. The first method, although being by and large the most popular approach, can offer differential display of paired samples with relatively few methods, the oldest one being based on statistical analysis performed on sets of gels via powerful software packages. Recent developments comprise analysis performed on a single gel containing mixed samples differentially labelled, either with fluorophors (Cy3 and Cy5) or with d0/d3 acrylamide.

La ricerca biomedica ha compiuto notevoli e rapidi progressi negli ultimi anni grazie al sequenziamento del genoma umano ed alla disponibilità di tecnologie quali i DNA array: la rappresentazione di ogni gene umano in un singolo chip, infatti, permette, almeno teoricamente, la quantificazione dell’espressione genica in ogni tessuto (1). In questo contesto, la proteomica è figlia naturale della genomica poiché, se da un lato i DNA array dipendono dalla retrotrascrizione dell’RNA messaggero, dall’altro gli array proteici permettono una misurazione diretta dei prodotti genici, con gli obiettivi dichiarati di definire la quantità, le modificazioni, l’attività, la localizzazione e le interazioni di tutte le proteine del campione in esame. Attualmente le tecnologie disponibili limitano le nostre analisi alla valutazione contemporanea di uno o due di questi parametri e soltanto in relazione ad una frazione proteica. Esistono, perciò, array che permettono una proteomica quantitativa ed altri che sviluppano invece una proteomica funzionale, volta a definire la funzione di ogni proteina di un dato organismo (2).

Parlare di DNA non significa solo parlare di sperimentazione e di come si può proteggere la privacy delle informazioni in esso contenute ma soprattutto di una molecola che governa tutta la vita biologica dell’uomo e che ne contiene tutti i segreti passati, presenti e futuri. Man mano che gli scienziati completano la mappa dell’immenso universo genetico, noi confidiamo in nuove cure per le malattie, nella soluzione di misteri, come quelli legati ai delitti, alla paternità e all’evoluzione dell’uomo. Nel 2001 l’intera sequenza del genoma umana è stata rivelata con non poche sorprese: i geni non sarebbero più di 30-40mila (contro i supposti 100.000) e ben 200 geni sono condivisi con i batteri. Ma siamo davvero pronti per l’era del gene e della postgenomica?

 La sieroamiloide A (SAA) comprende una famiglia eterogenea di apolipoproteine (12-14 kDa) prodotte principalmente a livello epatico in risposta al rilascio di citochine da parte dei monociti attivati (1). Tale famiglia di proteine ha mantenuto, durante l’evoluzione, un alto grado di conservazione tra i mammiferi (2) e questo rispecchia l’omologia presente tra i geni codificanti tali molecole nelle diverse specie (3) ed inoltre indica il rilevante ruolo biologico svolto da questa molecola. Essa è un’importante proteina di fase acuta e i suoi livelli ematici subiscono incrementi anche di 1000 volte in risposta a stimoli lesivi quali traumi di vario genere, infiammazioni, infezioni o neoplasie (4); inoltre, è il precursore della amiloide A, principale componente fibrillare dei depositi di amiloide nei pazienti affetti da amiloidosi (5).

Renal cell carcinomas (RCC) are a heterogeneous group of tumours representing about 3% of all adults cancers in Western countries (1). RCCs originating in the renal cortex account for 80—85% of primary malignancies of the kidney. In most of the cases, RCCs occur in sporadic form and only a small fraction shows a recognisable hereditary pattern. Since small, localised tumours rarely produce symptoms and the diagnosis of RCC is often delayed until the disease is well advanced. In addition, compared with other urological cancers, RCCs are associated with a high potential of metastases (2). As the majority of tumours are derived from epithelial ceils, RCCs are often composed of a variety of different cell types with different degrees of differentiation (3). Histological features distinguish clear cell, the most frequent type, from chromophilic, granular, chromophobic, oncocytic, and mixed cell types (Fig. 1) (4). RCCs are also classified according to their growth patterns.